Para el sector agrícola existen un gran número de plagas y epidemias, unas más dañinas que otras, que afectan distintas regiones del país y distintos tipos de plantas. Las más importantes, según lo dañinas que pueden llegar a ser, son la Cochinilla del carmín(Dactylopis coccus Costa), que se encuentra principalmente en la región de Coquimbo; Enfermedad de Sharka(Plum Pox Virus raza), regiones de Valparaíso, O´Higgins, Coquimbo y Metropolitana; Homalodisca coagulata, regiones de Valparaíso y Metropolitana; Polilla del racimo de la vid(Lobesia botrana), región metropolitana; Polilla minadora de los cítricos( Phyllocnistis citrella), región de Arica y Parinacota.
Para mantener el sector agrícola libre de estos organismos, el SAG ha establecido medidas como controles fronterizos fito sanitarios para evitar la introducción desde el extranjero de enfermedades que puedan afectar los vegetales. Allí se inspeccionan medios de transporte, equipaje de pasajeros, tripulación y cargas comerciales de productos silvoagropecuarios, lo que permite verificar si estos cumple las regulaciones sanitarias; fiscalizar el cumplimiento de la normativa vigente en viveros y plantaciones; regular la formación de planteles de plantas madres, los cuales se muestrean oficialmente y en forma anual, para autorizar la extracción de material de propagación con fines de producción de plantas.
En caso de que ya se encuentren afectadas, lo que se busca es impedir la propagación de la plaga, para eso se realizan medidas como destrucción de las matas de vivero enfermas; se establece un resguardo cuarentenario, el cual deberá realizarse en condiciones que eviten su infestación, tales como el uso de malla y aplicaciones de insecticidas sistémicos.
En el sector ganadero existen enfermedades como la Brucelosis bovina, la Loque americana, la Tuberculosis y El Síndrome reproductivo respiratorio porcino. Para mantener la sanidad de los animales del país se desarrollan vigilancias epidemiológica a los predios constantemente y en los controles fronterizos se realizan los chequeos necesarios para verificar el estado de animales que ingresen desde el extranjero. Cuando se detecta algun animal enfermo se despliega un saneamiento predia, realizado por el Médico Veterinario encargado del lugar, el cual semanalmente toma muestras del estado del ganado, que posteriormente es informado al SAG. Este proceso busca la erradicación de la enfermedaddentro de los predios, apoyandoce de tratamientos con fármacos o la eliminación del animal, según la gravedad del caso.
En resumen, el control sanitario del sector agropecuario nacional es una dura tarea, que debe ser llevada a cabo por el SAG y los privados, quienes en conjunto tiene la responsabilidad de la salud animal y vegetal.